りそな銀行が発足した当初は、
2005年に奈良銀行を「奈良りそな銀行」とするはずだったが、いわゆるりそなショックにより頓挫。勘定系システムに関しては
2003年7月22日をもって従前のシステムから旧大和銀行のNEWTONシステムへ移行したものの、系列の中心である
りそな銀行が国有化されたことによって、奈良銀行自体も今後の展開が見えない状況となった。店舗数は2003年時点では25を数えていたが、統廃合が進められ翌年には16まで減少した。
その後、奈良銀行単独での事業拡大は困難と判断され、奈良県内の営業力強化のため
2006年1月1日に
りそな銀行と合併し、消滅した(この時点で奈良県に本拠を置く銀行は
南都銀行のみとなった)。旧本店が「新奈良営業部」、旧大阪支店が桜川東支店、旧橿原支店が橿原神宮前支店と改名されたが、旧奈良銀行の全16店舗がそのままりそな銀行の店舗となった。しかし合併後、桜川東支店が2006年
6月16日(営業最終日)に桜川支店に統合されたのを皮切りに、旧奈良銀行のいくつかの店舗が統廃合によって消滅している。