大臣政務官は、「国会審議の活性化及び政治主導の政策決定システムの確立に関する法律(平成11年法律第116号)」により、従来の
政務次官を廃止して副大臣とともに設けられた。従来の政治任用ポストであった政務次官は、権限も小さく役割も不明確であったため、「省庁の盲腸」と揶揄され軽んじられてきた。この点を反省し、国会審議の活性化と政治主導の政策決定システムを確立するため、国会における
政府委員制度を廃止し、副大臣と大臣政務官に適材適所の実力者を登用することとした。大臣政務官の副大臣との違いは、副大臣がその府省の政策全般(ただし、内閣府副大臣は
大臣委員会の範囲を除く)について大臣を助けるのに対し、大臣政務官は特定の政策について大臣を助ける。また、副大臣(内閣府副大臣を除く)は大臣不在時に大臣の職務を代行し得るのに対し、大臣政務官にはそのような権限は与えられていない。