PFLPの2000年の第6回国内会議でハバシュは書記長を辞任し、後継として
アブー・アリー・ムスタファーが議長に就任する。しかし、
2001年8月にはイスラエル軍はムスタファー議長をミサイル攻撃で
暗殺し、PFLPは報復として2001年11月17日にイスラエルの極右政治家で観光旅行大臣
レハバム・ゼエビを射殺する。ムスタファーの後を継いだ
アフマド・サアダート議長は2001年10月の観光相暗殺テロの容疑により獄中にいた。しかし、
2006年3月、イスラエルがパレスチナ自治区内にある
刑務所に侵攻し釈放直前のサアダートを拘束した。